西医对于多囊肾没有针对性药物，只是对症治疗，高血压时用降压药，常用血管紧张素转换酶抑制剂，如卡托普利等；发生血尿时用止血药，感染时用抗感染类药等。中药的使用则根据“二因论”及”增生梗阻论”，重点一是改善外部因素导致的机体内环境变化以抑制多囊肾基因的活性，从而使病情得以控制：二是从中医病理中找出导致增生的原因，如因虚损导致增生者、因气滞导致增生者、因痰阻导致增生者等等，辨证用药使增生得以消除、梗阻得以疏通，最终实现大囊肿缩小、小囊肿甚至可以消除的治疗目的。分型一般是分型用药，常见证型有：
（一）、脾肾阳虚型：主证为尿少尿赤，全身浮肿，畏寒肢冷，脘腹胀闷，甚至恶心呕吐，舌淡润，舌体胖大、苔白，脉沉细数。此型常用参茸苓桂汤加减治疗。常用药物：人参、茯苓、桂枝、鹿茸、黄芪、白术、怀山药、薏苡仁等。
（二）、浊毒内犯型：主证为腹部膨大，胀闷，肿块坚硬，乏力肢倦、纳食不佳、恶心呕吐，皮肤瘙痒、面色晦暗，甚至神昏、抽搐，舌淡苔厚或黄腻、脉弦滑。此型常用雪陈莲草汤加减治疗。常用药物：雪莲、陈皮、半枝莲、半夏、土茯苓、水牛角、黄连等。
（三）、气滞络阻型、此证常见腰部胀痛、胸胁满闷或胀痛，心烦或情绪低落、抑郁，舌暗红、脉涩或弦细。此证常用甲龙柴草汤加减治疗。穿山甲、地龙、柴胡、枳实、木香、佛手、水蛭、当归、川芎等。
（四）、痰瘀互结型：证见囊肿逐渐增大，腰部重著刺痛，尿赤时浊、舌质淡紫、脉沉涩。此型常用逐瘀化痰汤加减治疗。赤芍、、苍术、泽泻、车前子、元胡、五灵脂、三棱、莪术、白芥子等。
（五）、阴虚阳亢、热灼脉络型：主证见腰部出现肿块、尿赤尿血、或混浊如泔，或五心烦热、尿频尿急尿痛，舌质红，少苔，脉细数。此型常用加减地黄汤合小蓟饮子加减治疗。常用药物：熟地、生地、山茱萸、小蓟、大蓟、西洋参、蒲黄、滑石、淡竹叶等。
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